经过三年多时间的努力，财政部于１９９７年５月和７月分别发布了《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》，并规定该准则和制度于１９９８年１月１日起在全国范围内实行。将财政部原制定发布的自１９８９年１月１日起实行的《事业行政单位预算会计制度》（以下简称《原制度》），与这次新制定发布的《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》（以下简称《新制度》）作一比较，可以归纳出事业单位会计在以下１０个方面发生了重大的改变：　　

 １．会计工作的法规体系有所改变

    原事业单位会计工作的法规体系为：《会计法》→《事业行政单位预算会计制度》；新事业单位会计工作的法规体系为：《会计法》→《事业单位会计准则》→《事业单位会计制度》。也即事业单位的会计法规在会计制度这一层次上已与行政单位会计法规相分离，并采用“准则”加“制度”的规范模式。事业单位会计制度与行政单位会计制度相分离的主要原因，可以归纳为这样几个方面，即事业单位与行政单位：

    （１）性质不同。即事业单位属于公益性质，行政单位属于政权性质。

    （２）经济业务活动的内容不同。即事业单位主要从事事业活动，生产精神产品；行政单位主要从事行政活动，维持社会运转。

    （３）财务管理的要求不同。即事业单位可以严格实行“核定收支，定额或者定项补助，超支不补，结余留用的预算管理办法”，预算一旦确定，一般不予调整；但行政单位则可能不一定能严格实行如事业单位的这种预算管理办法，可能需要根据行政管理情况的变化，适当增加预算的弹性，国家不能一天没有行政管理。

    （４）对市场的依赖程度不同。即事业单位，尤其是有条件走向市场的事业单位，其对市场的依赖程度要比行政单位大，也即事业单位可能会有一笔数字较大的事业收入；但行政单位没有相应的“行政收入”，只有财政拨入经费。

    （５）收支情况复杂程度不同。即事业单位收入来源多渠道，如有财政补助收入、上级补助收入、附属单位缴款、事业收入、经营收入等渠道，支出使用多用途，如有事业支出、经营支出、对附属单位补助、上缴上级支出等用途；而行政单位收入的来源主要依靠财政拨款，一般只有拨入经费和预算外资金收入，支出也主要是用于行政管理方面的支出，一般只有经费支出，行政单位一般要求与所属经济实体脱钩。事业单位实行“准则”与“制度”规范模式的主要原因，可以归纳为：
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    （１）事业单位涉及的行业较多，如科研、教育、文化、卫生、体育等，各行业在经济业务内容、活动方式、对财政拨款的依赖程度、会计核算的要求和会计管理水平等方面差别较大，必须有较高层次的会计准则规范，以确保各行业会计信息的真实性和可比性。

    （２）会计准则由于其层次较高，因此，内容不可能具体，为便于实务工作者实际操作，就有必要再根据准则制定制度，制度就比较详细具体，基层单位可以依照其规定具体操作。改革后的事业单位会计工作的法规体系更加完善。　　

    ２．会计与财政的关系有所改变在《原制度》中，将会计核算与财务管理的内容混合在一起，如“第四章货币资金的核算与管理”，“第五章全额预算收支的核算与管理”，“第六章预算外收支的核算与管理”等等，内容杂乱。在《新制度》中，着重规范了会计核算工作，突出了会计核算的方法，而将财务管理的要求全部纳入《事业单位财务规则》和有关行业财务制度中。这样，《事业单位会计准则》和《事业单位会计制度》与《事业单位财务规则》和行业财务制度两者相辅相成，相得益彰。通过改革，会计与财务的关系得到了理顺。　　

    ３．会计主体有所改变在《原制度》中，将事业单位的会计主体认为是预算资金活动，即“以预算资金活动作为记账主体”。这使得事业单位变成了是国家财政的一个报销单位，事业单位加强自身经济管理的观念淡薄。《事业单位会计准则》第四条明确规定“会计核算应当以事业单位自身发生的各项经济业务为对象，记录和反映事业单位自身的各项经济活动。”这就从概念上明确了事业单位是一个会计主体。事业单位会计主体的确立，有利于事业单位加强自身的经济管理，提高资金使用效益，同时也有利于事业单位以主体的身分参与市场竞争，谋求自身发展。可以认为，事业单位会计主体地位的确立，是这次事业单位会计改革的最主要的内容之一，事业单位会计要素的改变、会计核算平衡公式的改变、预算内外资金核算方法的改革以及会计报表的改变等，都在某种程度上体现了事业单位的会计主体地位。　　

    ４．确定了会计核算的一般原则在《原制度》中，只注重对具体会计核算方法的规定，没有对指导会计核算工作的一般原则作出全面而系统的规定。这种情况对提高事业单位会计信息的质量带来很多不利的因素。《事业单位会计准则》第一次集中、全面而又系统地提出了１１条会计核算的一般原则。这１１条一般原则是：客观性原则、适应性原则、可比性原则、一致性原则、及时性原则、清晰性原则、收付实现制和权责发生制原则、配比原则、专款专用原则、实际成本原则、重要性原则。会计核算一般原则的确定，对于统一协调各部门、各行业事业单位的会计核算具有重要的作用。